Studie cis-regulačních prvků: identifikace a charakterizace

Studie cis-regulačních prvků: identifikace a charakterizace
Studie cis-regulačních prvků: identifikace a charakterizace

Proces regulace genové transkripce závisí do značné míry na existenci nekódujících sekvencí DNA v genomu. Tyto sekvence DNA, nazývané „cis-regulační prvky“, mají zvláštnost získávání četných proteinů schopných regulovat úroveň transkripce genů. Přímá nebo nepřímá vazba těchto regulačních proteinů na cis-regulační prvky umožňuje regulaci genů v prostoru a čase. Masivní akumulace sekvenčních dat ve veřejných databázích umožňuje integraci mnoha experimentů zachycujících interakce mezi regulačními proteiny a DNA bioinformatickými prostředky. Cílem mého doktorátu bylo anotovat a jednotným způsobem zpracovat surová data vyplývající ze sekvenčních experimentů, jejichž cílem je identifikovat vazebné oblasti regulačních proteinů pro člověka a poté u Arabidopsis Thaliana. Zpracovali jsme data z ChIP-seq, ChIP-exo a DAP-seq, abychom vytvořili několik katalogů regulačních oblastí. Všechna tato data jsou k dispozici v rámci projektu ReMap. K provedení těchto analýz jsme vyvinuli reprodukovatelné, škálovatelné a přenosné pracovní postupy na různých architekturách. Tato data byla také použita k identifikaci vazebných míst rozpoznaných transkripčními faktory a ke konsolidaci databáze JASPAR. Konečně,